Hipogonadotropik hipogonadizm, gonadal hormon aksının üst merkezlerinde oluşan lezyonlar nedeniyle oluşur. Hipotalamusun gonadotropin releasing hormon (GnRH) az salgılaması veya hipofiz bezinin gonadotropin hormon salınımının azalması; primer ve sekonder cinsiyet karakterlerinin az gelişmesine neden olur.