Konjenital AIDS; gebelik döneminde, doğum sırasında ya da emzirme sırasında anneden çocuğa HIV geçmesine bağlı oluşur. Birçok faktöre bağlı olarak, HIV+ annelerden doğan çocukların enfekte olma ihtimali %5-50 arasındadır. Tanıda klinik ve immünolojik kriterlerden yararlanılır ona göre tanı konulur. Maturasyon sırasında HIV maruz kalan tüm çocuklarda hemen tedaviye başlanması önerilir.